Bahwa untuk mengetahui lebih banyak mengenai sejarah berdirinya Pengadilan Negeri Wates, alangkah baiknya untuk tidak mengabaikan mengenai sejarah berdirinya Kabupaten Kulon progo, karena wilayah hukum Pengadilan Negeri Wates meliputi seluruh wilayah Kabupaten Kulon Progo
Kabupaten Kulon Progo yang ada sekarang ini pada awalnya merupakan 2 daerah kekuasaan yaitu wilayah Utara adalah Kesultanan dengan nama Kabupaten Kulon Progo dan wilayah Selatan adalah Kekuasaan Paku Alaman dengan nama Kabupaten Adikarta. Sesudah Proklamasi kemerdekaan RI, pada tanggal 5 September 1945 Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Sri Paku Alam VIII mengeluarkan maklumat bahwa Kesultanan dan Paku Alaman adalah daerah istimewa dari negara Republik Indonesia yang bersifat kerajaan. Pemerintah Republik Indonesia mengeluarkan Undang- undang Nomor 15 tahun 1950 yang mengatur tentang pembentukan daerah kabupaten dalam lingkungan Daerah Istimewa Yogyakarta. Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Sri Paku Alam VIII tidak berkenan adanya 2 daerah istimewa di Daerah Istimewa Yogyakarta maka diadakan pembicaraan mengenai penggabungan Kabupaten Kulon Progo ( Kesultanan ) dengan Kabupaten Adikarta ( Paku Alaman ) dan disepakati dengan nama Kabupaten Kulon Progo dengan ibukotanya Wates. Atas kesepakatan tersebut, pada tanggal 15 Oktober 1951 pemerintah mengeluarkan Undang- undang nomor 18 tahun 1950 tentang penggabungan Kabupaten Kulun Progo ( Kesultanan ) dengan Kabupaten Adikarta ( Paku Alaman ) menjadi satu kabupaten dalam lingkungan Daerah Istimewa Yogyakarta dengan nama Kabupaten Kulon Progo.
Sedangkan sejarah terbentuknya Pengadilan Negeri Wates adalah berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor 3B.54349 tertanggal 12 Agustus 1965, dibentuk Pengadilan Negeri Wates dengan daerah hukumnya wilayah Kabupaten Kulon Progo. Pada waktu itu yang diberi tugas untuk mempersiapkan segala sesuatu yang berhubungan dengan pembentukan Pengadilan Negeri Wates adalah Bapak Muhammad Boeang, S yang kemudian setelah Pengadilan berdiri beliau diangkat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Wates yang pertama. Pada waktu itu belum ada gedung dan sarananya. Dalam melaksanakan kegiatan peradilan baik sidang perkara perdata maupun pidana menggunakan rumah seorang penduduk dan menyewa gedung Pemerintah Daerah. Baru pada 1973 dilakukan pembangunan gedung Pengadilan Negeri Wates yang terletak di Jalan Sugiman 19 Wates dengan diresmikan oleh Direktur Jenderal Pembinaan Badan Peradilan Umum Departeman Kehakiman RI pada tanggal 30 agustus 1973. Kemudian sesuai perkembangan, Pengadilan Negeri Wates telah mengalami rehab dan penambahan lokal. Pengadilan Negeri Wates dengan areal tanah seluas 2182 m2 serta luas bangunan 1169 m2 dan berlantai dua, memiliki 3 (tiga) buah ruang sidang yang terdiri dari 2 buah ruangan sidang biasa dan satu buah ruang Sidang Utama yang dipergunakan untuk sidang dan pertemuan.
Mulai tanggal 23 Januari 2017 Pengadilan Negeri Wates resmi menempati gedung baru yang beralamat di Jalan KH. Ahmad Dahlan No. 16 Wates, Kulon Progo. Pembangunan gedung yang memiliki luas tanah 2.850 m2 ini berlangsung 3 tahap, tahap I adalah struktur kolom dan pondasi pada tahun 2013, tahap II pada tahun 2015 dan finishing pada tahap III tahun 2016 dengan luas bangunan 2.016 m2.