Tugas pokok Pengadilan Negeri Wates sebagai Pengadilan Tingkat Pertama adalah menerima, memeriksa, memutus dan menyelesaikan sengketa perkara di Tingkat Pertama sesuai dengan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku.
Fungsi Pengadilan Negeri Wates untuk melaksanakan tugas pokok tersebut, maka Pengadilan Negeri Wates mempunyai fungsi antara lain sebagai berikutĀ :
- Fungsi mengadili (judicial power), yakni memeriksa dan mengadili perkara yang menjadi wewenang Pengadilan Negeri Tingkat Pertama di wilayah hukumnya.
- Fungsi Administrasi, yaitu menyelenggarakan administrasi umum, keuangan dan kepegawaian serta lainnya untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok Teknis Peradilan dan Administrasi Peradilan.
- Fungsi pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawabnya.
- Fungsi Pengawasan internal dalam pelaksanaan tugas-tugasnya.
- Fungsi penyampaian laporan hasil evaluasi, saran dan pertimbangan dibidang tugas dan fungsinya kepada Pengadilan Tinggi Yogyakarta.
- Fungsi pembinaan, yaitu memberikan pengarahan, bimbingan dan petunjuk kepada pegawai Pengadilan Negeri Wates, baik menyangkut teknis yustisial, administrasi peradilan maupun administrasi umum.